Gainazzo si trova in posizione dominante sulla media valle del Panaro e per questo è stato storicamente oggetto di aspra contesa tra i comuni di Modena e Bologna nel corso dei secoli XIII e XIV. Insieme a Missano, la comunità di Gainazzo diviene parte, non senza tensioni, del territorio di Samone fino all'arrivo dell'esercito napoleonico nel 1796.  Dal 1815 entra a far parte del Comune di Guiglia.